Q.複数店舗で利用する場合の店舗数はGoogleビジネスプロフィールの数でしょうか？

はい、Googleビジネスプロフィールの数となります。

Googleビジネスプロフィールの数が、店舗数です。

1アカウントあたりのカウントは、Googleビジネスプロフィールの数を基準にしています。

たとえば、同じ建物の中でも、店舗や会社が2つあって、2つのGoogleビジネスプロフィールがあるとしたら、その場合は「2店舗」となります。